Основными проблемными вопросами изучения раздела «Морфемика» являются: соотношение понятий морфема и морф, вопрос об аффиксоидах, классификация морфов по разным основаниям, асемантические части слов, спорные точки зрения по определению границ основы, понятие степени членимости основы, наличие в русском языке словоформ с уникальными служебными морфами (унификсами), связанными корнями (радиксоидами), уникальными связанными корнями (унирадиксоидами), основные исторические изменения морфемного состава слова.